Réseau de biobanques et base de données commune

Contexte

L'IHU RespirERA s'appuie sur la force de ses trois partenaires fondateurs : le CHU de Nice, l'Hôpital Cochin à Paris et le Centre Georges-François Leclerc à Dijon. Ces établissements disposent chacun de biobanques certifiées ISO 9001, contenant des milliers d'échantillons biologiques (tissus, sang, ADN, etc.) issus de patients. Ces ressources précieuses sont indispensables pour mieux comprendre les maladies et faire avancer la recherche médicale.

Cependant, aujourd'hui, ces biobanques fonctionnent encore comme des entités indépendantes. Chacune utilise ses propres outils informatiques et suit ses propres procédures. Ce fonctionnement en silos limite fortement la mise en commun des données, complique les collaborations scientifiques et freine le développement de projets à grande échelle. En clair, un chercheur qui souhaite accéder à des échantillons ou à des informations cliniques issues de plusieurs centres est confronté à de nombreux obstacles techniques et organisationnels.

Pour répondre aux enjeux de la recherche translationnelle (c’est-à-dire la capacité à faire le lien entre les découvertes scientifiques et leur application concrète auprès des patients), il est fondamental de créer un accès simple, centralisé et harmonisé aux données et échantillons. Le projet de réseau de biobanques vise à transformer ces ressources éparpillées en un outil stratégique collectif.

Objectifs du projet

Le projet a pour ambition de créer un véritable réseau de biobanques interconnectées, reposant sur des procédures communes et des outils partagés. L’objectif est de renforcer l’efficacité et la qualité des recherches menées sur les maladies respiratoires.

Les principales actions prévues sont :

• Harmoniser les pratiques de collecte, de traitement et de conservation des échantillons biologiques en s'appuyant sur une certification ISO 9001 partagée entre tous les sites.
• Déployer un logiciel commun pour la gestion des biobanques ou, à défaut, rendre les logiciels actuels interopérables afin qu’ils soient capables de communiquer entre eux.
• Maintenir, enrichir et documenter des cohortes de patients, tumoraux ou non, en analysant leurs échantillons à différents niveaux (moléculaire, cellulaire).
• Centraliser toutes les données associées (informations cliniques, antécédents, facteurs de risque) dans une base de données commune et structurée.
• Partager ces données avec l’institut INRIA-3IA, expert en intelligence artificielle, afin d’explorer de nouveaux modèles d’analyse, et les stocker dans un entrepôt de données de santé sécurisé.

À travers ce projet, l’IHU RespirERA souhaite faire émerger un centre de référence national et international dans le domaine du biobanking appliqué aux pathologies respiratoires. Il vise aussi à encourager les partenariats, qu’ils soient académiques ou industriels.

Méthodologie et collaboration

Pour réussir ce projet ambitieux, une méthodologie rigoureuse et collaborative a été mise en place :

• Harmonisation des pratiques : Les équipes des différentes biobanques travaillent ensemble à l’élaboration de protocoles communs et à l’obtention d’une certification ISO 9001 couvrant l’ensemble du réseau. Cette certification garantit la qualité, la traçabilité et la reproductibilité des échantillons.
• Outil commun ou interopérable : Le projet prévoit l’utilisation d’un logiciel unique de gestion des biobanques (comme ModulBio), ou la mise en place de passerelles permettant aux logiciels existants de communiquer entre eux de manière fluide.
• Standardisation des données : Une attention particulière est portée à la façon dont les données sont nommées, classées et codifiées. Le projet s’appuie sur des référentiels internationaux reconnus tels que MIABIS (Minimum Information About BIobank data Sharing), BBMRI (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure), CIM-11 (Classification Internationale des Maladies) ou encore SNOMED CT (nomenclature clinique).
• Caractérisation des échantillons : Les échantillons collectés sont analysés finement à l’aide de technologies de pointe : séquençage génétique, imagerie médicale, analyses moléculaires et exposomiques (étude de l’exposition aux facteurs environnementaux).
• Réseau de partenaires : Le projet implique une large coopération entre les équipes cliniques, les laboratoires de recherche, les data scientists de l’INRIA-3IA, ainsi que des partenaires publics et privés (industries pharmaceutiques, biotechs, etc.). Cette collaboration multisectorielle est essentielle pour garantir l'efficacité, la valorisation et la pérennité du réseau.

Avancées et retombées attendues

La création de ce réseau de biobanques interconnectées représente une avancée majeure pour l’IHU RespirERA et aura des impacts majeurs et concrets en permettant :

• De mener des recherches translationnelles plus ambitieuses, en facilitant l’accès à des collections d’échantillons riches, standardisées et bien caractérisées.
• D’accélérer le développement de nouveaux diagnostics, traitements ou outils de prévention grâce à une meilleure exploitation des données disponibles.
• De renforcer la capacité de l’IHU à nouer des collaborations nationales et internationales, avec d’autres instituts de recherche, des universités ou des entreprises.
• D’augmenter l’attractivité du site pour les jeunes chercheurs, les cliniciens, et les étudiants en sciences de la vie.
• De structurer durablement un écosystème autour du biobanking respiratoire, en lien avec les enjeux de santé publique actuels.
• De valoriser les formations existantes dans ce domaine, notamment les Masters spécialisés en biobanking et gestion des données biomédicales, en leur offrant un terrain d’application concret et innovant.

Ce projet répond à une double exigence : scientifique, en renforçant les capacités de recherche et d’innovation de l’IHU ; et sociétale, en rendant plus efficace la lutte contre les maladies respiratoires grâce à une meilleure utilisation des ressources biologiques et des données de santé. Il s’inscrit pleinement dans la mission de l’IHU RespirERA : faire avancer la recherche au service des patients.